Đã 10 năm trôi qua kể từ tập cuối của bộ phim truyền hình, phi hành đoàn của Sidonia đã chuẩn bị kỹ lưỡng cho cuộc chiến lớn với sinh vật không tương tác, Gauna, để định cư ở hành tinh thứ bảy trong hệ sao Lem. Át chủ bài Nagate yêu Tsumugi tha t

Tập trung vào 5 nhân vật trong trường cao trung Otobuki. Năm con người đến với nhau bởi định mệnh trớ trêu thông qua... game. Họ "quan tâm" đến nhau, hành động "vì người khác" nhưng không hay biết rằng chính mình đang "chôn"