Vào một ngày mùa xuân khi hoa anh đào bắt đầu rụng, nàng công chúa ngây thơ của một đất nước nhỏ bé, Lion bắt đầu những ngày học tại một trường học ở Hokkaido. Trường có một cơ sở đặc biệt do ALCA điều hành nhằm đào tạo những nhà Logic học bảo vệ hòa bình

Trong năm 298 từ thời của các vị thần, các học sinh tiểu học Sumi Washio, Sonoko Nogi và Gin Minowa được giao nhiệm vụ quan trọng. Họ sẽ trở thành anh hùng và chiến đấu với Vertex, một kẻ thù bí ẩn đang tấn công Shinju-sama, cây thần để bảo vệ Shikoku, kh